بعد از آن همه سر و صدا و استفاده انتخاباتی از اعدامهای منافقان در سال ۶۷ بالاخره وزیر اسبق اطلاعات دراینباره پاسخی داد که شنیدنی‌است. هر چند فلاحیان دیر به پاسخگوی افتاده اما همین که امروز خیلی راحت می‌گوید که سعید امامی در زندان خودکشی نکرده، مشایی به دلیلی انجام ازدواج خلاف قانون از اطلاعات اخراج شده و درباره اعدامهای ۶۷ اظهاراتی دارد پای او را به خوبهای پاسخگو باز کرده است.
علی فلاحیان در گفت و گوی مفصلی که با دهباشی داشته درباره اعدامهای منافقین زندانی گفته:« حکم منافقین و تمام گروه‌هایی که محارب هستند، اعدام است.اصلا امام فرموده و همه مراجع هم نظرشان همین است. قرآن هم بیان می‌کند که حکم محاربین اعدام است. آن زمان هم بر سر این موضوع دعوا بود؛ آقای موسوی تبریزی که می‌گفت اصلا محاکمه نمی‌خواهد و محاکمه در رابطه با کسانی که در حال جنگ با ما هستند، معنا ندارد. عده‌ای دیگر از آقایان معتقد بودند دستگیرشدگان محاکمه شوند. حالا این نظر آنها یا از باب احتیاط بود یا فتوا یا رافت اسلامی ولی امام مرتبا تاکید داشت که مواظب باشید این‌ها از دستتان در نروند. این‌ها اگر بروند دوباره یک نفر را می‌کشند و حفظ جان مسلمان واجب است لذا امام همیشه می‌گفت از این طرف احتیاط کنید چون ما در مورد دماء باید احتیاط کنیم؟ چطور؟ مثلا اگر شبهه‌ای شد در این که کسی قاتل است یا نه، بنا را بر نکشتن بگذاریم اما در مورد منافقین امام می‌گفت به عکس رفتار کنید، من این‌ها را می‌شناسم، از دستتان درنروند و حکمشان اعدام است. این حکم ولایی ایشان بود؛ چه قبل از جریان ۶۷ چه بعد از آن.حکم منافق و محارب اعدام است. این فتوای امام و همه علما و مراجع و حتی آیت‌الله منتظری است. در این بحثی نبود.