دوره عضویت علی شمخانی در شورای عالی امنیت ملی در حالی رو به پایان است که در ماه های اخیر نسبت به فعالیت های اقتصادی برخی نزدیکان وی حرف و حدیث هایی در فضای مجازی و بعضا در رسانه های رسمی مطرح شده است، موضوعی که شمخانی تا کنون به عنوان شخص حقیقی درباره آن ها روشنگری نکرده است. عضویت علی شمخانی در شورای عالی امنیت ملی ۲۹ شهریور پایان می یابد. شمخانی در جایگاه دبیر شورای امنیت ملی هم فعالیت می کند که حکم آن از سوی رئیس جمهور صادر شده است. در ماه های اخیر اخباری در رسانه های مختلف درباره برخی نزدیکان علی شمخانی منتشر شده است. این خبرها درباره ساخت برج در شمال شهر تهران و ساخت و سازهای غیرمجاز در لواسان است. بعد از انتشار این اخبار در حالی که انتظار می رفت آقای شمخانی به عنوان یک شخصیت حقیقی موضع گیری کند اما رسانه ها اقدام به انتشاری اطلاعیه ای کردند که در آن یک منبع مطلع نزدیک به دبیر شورای عالی امنیت ملی به ابهامات پاسخ داده بود. البته این پاسخ، بیش از آن که روشنگر و شفاف کننده باشد از توطئه ای برای «ترور شخصیت مقامات عالی کشور» با «فضاسازی های غیر مستند و بی اساس» سخن گفته بود. در این اطلاعیه همچنین عنوان شده بود که کلیه اموال مسئولین ارشد از سوی نهادهای مسئول ارزیابی و کنترل می شود. در این اطلاعیه که ۲۲ مرداد ۱۳۹۸ منتشر شد آمده بود:«خبرسازی های مغرضانه و هدفمند که طی ماههای گذشته علیه دریابان شمخانی و خانواده ایشان انجام شده، ناشی از برخی اغراض سیاسی بوده که در صورت لزوم سرشاخه های داخلی و خارجی آن معرفی شده و به اطلاع رسانه ها خواهد رسید». ماجرا به انتشار فیلمی در فضای مجازی برمی گردد که در آن حسن میرمحمدعلی که به عنوان داماد علی شمخانی معرفی می شود مشغول ساخت ویلا در لواسان است و جلو دوربین از نحوه ساخت و سازهای غیرمجاز و چگونگی رفع مشکلات آنها سخن می گفت. بعد از انتشار این فیلم روزنامه فرهیختگان در تاریخ ۵ اردیبهشت ۱۳۹۸ نوشت: روز گذشته یک منبع آگاه در دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی اطلاع داد که با وجود رابطه فامیلی میان حسن میرمحمدعلی و شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ملی، این مهم باعث بروز تخلفات نبوده است و آقای شمخانی هم علاوه بر اینکه اجازه چنین سوءاستفاده‌هایی را نمی‌دهند، خود ناراضی هستند و درحال پیگیری موضوع از مجاری قانونی‌اند، بنابراین رابطه‌ای بین نسب فامیلی و خانوادگی و تخلفات وجود ندارد. اواخر خرداد ماه موضع گیری منفی شمخانی درباره برجام در مصاحبه با شبکه ان بی سی نیوز نیز حرف و حدیث هایی را به دنبال داشت. برخی رسانه ها از این اظهارنظر ابراز تعجب کردند و طرفداران دولت این مصاحبه را به اتمام دوره دبیر شورای عالی امنیت ملی نسبت داده اند چرا که از دید آنها قبلاً شمخانی یکی از حامیان برجام بوده است. شمخانی در این مصاحبه عنوان کرده بود: «ما نمی بایست توافق هسته ای دوران ریاست جمهوری (باراک) اوباما (برجام) را امضاء می کردیم». علی ربیعی، سخنگوی دولت در تاریخ ۴ شهریور در پاسخ به موضع‌گیری شمخانی عنوان کرده بود: «جناب آقای شمخانی تاکید کردند نظرشان شخصی است و این موضع دولت نیست. فارغ از این موضوع، با توجه به حرف و حدیث هایی که پیش آمده انتظار است آقای شمخانی به عنوان یک شخص حقیقی درباره این مسائل صحبت کند. شفاف سازی ایشان حتماً می تواند به عنوان نقطه پایانی بر انتشار این اخبار در سطح رسانه ها باشد.