مجموعه دولت در سال‌های اخیر بارها از حسن عباسی شکواییه‌هایی را مطرح نمودند و از طریق محاکم قضایی سعی در خاموش کردن و به انزوا کشیدن ایشان داشتند، پروژه‌هایی که دولت پیگیر به ثمر رساندن آنهاست بیش از ۱۰ پرونده می‌باشد که از این تعداد در مورد ۵ فقره از آنها از سوی دستگاه قضا حکم قطعی صادر شده است.
اولین پرونده درخصوص سخنرانی ایشان در تاریخ ۲۸/۹/۹۵ در دانشگاه اراک بود با موضوع وحدت و دانشگاه و دومین پرونده که سعی داریم در این مجال به مختصری از آن بپردازیم درخصوص سخنرانی ایشان در تاریخ ۵/۱۰/۹۵ در دانشگاه علوم پزشکی مشهد است که مشاور حقوقی وزیر راه، مسکن و شهرسازی آقای آخوندی شکواییه‌ای به اتهام نشر اکاذیب و توهین به آقای وزیر جهت رسیدگی به دستگاه قضایی تقدیم کرده‌اند.
در این سخنرانی، حسن عباسی به تشریح لیبرالیسم در نگاه امام خمینی(ره) و مقام معظم رهبری پرداخته و نسبت لیبرالیسم را با انقلاب اسلامی تبیین می‌کنند و این جمله امام خمینی(ره) که تا من زنده هستم نخواهم گذاشت حکومت به دست لیبرال‌ها بیفتد به عنوان خط اصلی موضوع بحث قرار می‌دهد و تلاش دارد تا هم اصل و ماهیت لیبرالیسم را برای مخاطبین تشریح نمایند و هم کسانی را که اکنون در کشور در صدد پیاده کردن لیبرالیسم هستند را افشا کند، از این منظر به سخنرانی آقای آخوندی در همایش جامعه مهندسی و مدیریت اخلاق حرفه‌ای در تاریخ ۲/۱۲/۹۴ اشاره می‌کند که لیبرالیسم و سوداگری دو موضوع متفاوتند و توسعه و عدالت در گرو لیبرالیسم است. اکنون ما با دو رویکرد متفاوت نسبت به لیبرالیسم در جامعه مواجهیم یکی نگاه امام خمینی(ره) نسبت به لیبرال‌ها که موکدا در نامه‌ای که به منظور عزل آقای منتظری از قائم‌مقامی مرقوم کردند بیان می‌فرمایند چون بعد از من کشور را به دست لیبرال‌ها می‌سپارید لذا لیاقت قائم‌مقامی را ندارید و دیگر نگاه استدلال آقای آخوندی است که توسعه و عدالت را در گرو لیبرالیسم می‌بینند.
به منظور تنویر افکار عمومی نظر مقام معظم رهبری را نیز درخصوص لیبرالیسم و نسبت آن با نظام دینی را ارائه می‌کنیم که می‌فرمایند نظام‌سازی کار بزرگی است و در عین حال پیچیده و دشوار است، نگذارید الگوهای لائیک یا لیبرالیسم غربی یا ناسیونالیسم افراطی یا گرایش‌های چپ مارکسیستی خود را به شما تحمیل کند، هدف نهایی را باید امت واحده‌ی اسلامی و ایجاد تمدن جدید بر پایه دین و عقلانیت و علم و اخلاق قرار داد. (اجلاس بین‌المللی بیداری اسلامی ۲۶/۶/۹۰) رهبری در اینجا تاکید می‌کند که کار اصلی نظام‌سازی است، بدین منظور استفاده از الگوهای لیبرالیسم و... را نفی می‌کند پس کاملا واضح و مبرهن است که در نگاه رهبری نفی لیبرالیسم امری ضروری است و از این منظر همیشه احساس خطر شده است که رویکردهایی در بدنه دولت و مجلس با پشتیبانی نظریه‌پردازان لیبرالی سمت و سوی حوزه‌های اجرایی کشور را به سمت نظام‌سازی و پیاده‌سازی لیبرالیسم رهنمون شوند.
اینجا لازم است رویکرد عملی آقای آخوندی را که برای توسعه کشور دنبال می‌کند کمی بیشتر تشریح کنیم و از کلی‌گویی لیبرالیسم اجتناب کنیم. به استناد خبرگزاری صداوسیما در تاریخ ۲۵/۱۱/۹۴ در دانشگاه شهید بهشتی آقای آخوندی تاکید می‌کند به که مبانی بنیادین ایران شهر را باید دوباره احیا کنیم. نکنه اینجاست که بدانیم تئوریسین نظریه "ایران شهر" آقای "جواد طباطبایی" است و ایشان در مناظره با دکتر حسن کچوئیان اظهار می‌کند که اصلا اعتقادی به حکومت دینی ندارم و از طرفی آقای آخوندی مرکزی تحت عنوان خانه گفتمان شهر و معماری در وزارتخانه تحت نظرشان تشکیل داده‌اند که در راستای تبیین نظریه ایران شهر که تئوری خاص دکتر جواد طباطبایی می‌باشد فعالیت می‌کند.
در انتها لازم به ذکر است که اتهامات وارده به آقای حسن عباسی، ایشان از اتهام نشر اکاذیب تبرئه شده‌اند که این خود نوید صدق کلام و اسناد ارایه شده از سوی ایشان می‌باشد و در ادامه ایشان به خاطر توهین به آقای آخوندی به هفت ماه حبس محکوم شده‌اند حال سوال این است که اگر ادعاهای حسن عباسی صدق هستند چرا دستگاه‌های قضایی و نظارتی به اصل قضیه یعنی ریشه دواندن متفکرین لیبرال و به دنبال آن پیاده‌سازی و اجرای لیبرالیسم در وزارتخانه مسکن و راه و شهرسازی که در تعارض ذاتی با قانون اساسی، رهنمودهای رهبر معظم انقلاب و سیره عمل امام خمینی(ره) می‌باشد را نمی‌پردازند و مطالبه‌ای ندارند.
