دوران ریگان و تثبیت قدرت امریکن اینترپرایز
در دهه ۱۹۸۰، دولت ریگان بسیاری از اعضای مؤسسه را به خدمت خود در آورد تا جایی که دفاتر مؤسسه متروکه گشتند. اعضای امریکن اینترپرایز چه در حوزه سیاست خارجی به مانند پشتیبانی از کنتراهای نیکاراگوئه و یا "جنگجویان آزادی" در آفریقا و چه در مسائل داخلی به مانند تنظیم مجدد قوانین شرکتی نقش چشمگیری ایفاء نمودند. در همین دوران بود که بارودی در سال ۱۹۸۱ درگذشت و این مؤسسه یکی از بزرگترین اعضای خود را از دست داد.
کریستوفر دیمات و اوج قدرت مؤسسه امریکن اینترپرایز در دوران بوش انتصاب کریستوفر دیمات (Cristopher DeMuth) در سال ۱۹۸۶، باعث احیای مجدد سازمان گشت. دیمات که قبل از ورود به مؤسسه ریاست اداره مدیریت و بودجه را در دولت اول ریگان بر عهده داشت، ۲۲ سال متوالی به عنوان رئیس امریکن اینترپرایز فعالیت نمود. در زمان ریاست وی درآمدهای سالیانه مؤسسه افزایش چشمگیری یافت و به ۴۰ میلیون دلار در سال ۲۰۰۵ رسید. شاید بتوان گفت که دیمات ریاست مؤسسه را در قوی‌ترین دوران آن یعنی دور اول ریاست جمهوری بوش بر عهده داشت. ده‌ها نفر از اعضای امریکن اینترپرایز وارد پست‌های دولتی یا نقش‌های مشورتی شدند. در سال ۲۰۰۸ ریاست مؤسسه به عضو دیگری آرتور بروکس (Arthur Brooks) واگذار گردید.

فعالیت‌های مؤسسه امریکن اینترپرایز نظامی‌گری
اگرچه بسیاری از محقین و اعضای مؤسسه در طیف وسیعی از مسائل سیاستگذاری داخلی و اجتماعی تخصص دارند اما این مرکز بخش اعظمی از شهرت خود را مدیون فشار در جهت پیشبرد سیاست‌های خارجی و امنیتی نظامی است که در حقیقت منعکس کننده دیدگاه‌های نئومحافظه‌کاران و دیگر ملی‌گراهای تندرو است. بسیاری از اعضای این مؤسسه جزو حامیان سرسخت جنگ عراق در عرصه عمومی به شمار می‌روند – حتی قبل از حملات ۱۱ سپتامبر – و دعوت به "جنگ گسترده علیه تروریسم" می‌نمایند.
مؤسسه امریکن اینترپرایز همکاری نزدیکی نیز با "پروژه قرن جدید آمریکایی" (Project for the New American Century) داشت که البته هم‌اکنون دیگر منحل گشته است. این عنوان نام یک گروه نئومحافظه‌کار بود که در سال‌های قبل از حملات ۱۱ سپتامبر به عنوان دستگاهی برای ایجاد ائتلافی گسترده از بازیگران سیاسی محافظه‌کار به منظور پیشبرد یک سیاست تهاجمی پس از جنگ سرد به کار می‌رفت. 

ایران‌ستیزی مؤسسه امریکن اینترپرایز
در سال‌های پایانی زمامداری بوش، نویسندگان و محققین مؤسسه توجه خود را معطوف به ایران نمودند. در میان کارهای انجام گرفته توسط آنها می‌توان به ایجاد "مؤسسه اینترپرایز ایران" در سال ۲۰۰۶ اشاره نمود که توسط لورا روزن (Laura Rozen) یکی از بانیان آن چنین توصیف شده :"مؤسسه اینترپرایز ایران توسط جمعی از مخالفین ایرانی که به تازگی وارد آمریکا شده و جنبش آنها اخیرا مورد حمایت مؤسسه امریکن اینترپرایز و ریچارد پرل، مشاور سابق پنتاگون، است، اداره می‌شود."
این مؤسسه برنامه‌های تبلیغاتی زیادی را در مورد برنامه‌های هسته‌ای کشورمان پیاده می‌سازد. اخیرا در سال ۲۰۱۱، گزارشی با عنوان "بازدارندگی و مهار یک ایران هسته‌ای" منتشر نموده و در آن سناریوهای مختلف رویارویی با ایران در صورت دستیابی به سلاح هسته‌ای را بررسی نمود. این مؤسسه در اقدامی دیگر و د ژانویه ۲۰۱۲ گزارشی با عنوان "برنامه هسته‌ ای ایران؛ جدول زمانی، داده ‌ها و برآوردها" به قلم "مسیح ظریف" را منتشر کرده است. در این گزارش یک ارزیابی ظرفیتی از زمان لازم برای دستیابی ایران به میزان کافی از اورانیوم غنی شده برای ساخت سلاح هسته ‌ای صورت گرفته و تفسیری از اطلاعات فنی که در گزارش‌های آژانس بین المللی انرژی اتمی آمده، مورد بحث و بررسی قرار گرفته است.