از ساعات اولیه پس از حادثه رخ داده در تاسیسات هسته‌ای نطنز برخی رسانه‌های غربی و معاند به گمانه‌زنی در خصوص علت این حادثه پرداختند.
حادثه بامداد پنجشنبه در تاسیسات هسته‌ای نطنز از همان ابتدا فرصتی را ایجاد کرد تا رسانه‌های غربی و معاند با پرداختن به آن به شبهاتی در این زمینه دامن بزنند.
برخی رسانه‌ها از همان ساعات ابتدایی بعد از وقوع حادثه ادعاهایی را بدون ارائه منبع دقیق آن‌ها و یا شواهد در خصوص علت این حادثه مطرح کردند. یکی از این رسانه‌ها، روزنامه آمریکایی «نیویورک تایمز» بود که در بخشی از گزارش خود به نقل از یک «مقام اطلاعاتی کشوری در خاورمیانه» که نامی از وی برده نشده، نوشت: «این حادثه حاصل انفجار یک وسیله انفجاری بوده که در داخل تأسیسات (نطنز) کار گذاشته شده بود.»
این در حالی بود که در زمان انتشار خبر تحقیقات در خصوص این حادثه در ایران هنوز در دست انجام بود. نیویورک تایمز در ادامه به نقل از «دیوید آلبرایت» رئیس «موسسه علوم و امنیت بین‌الملل» از اندیشکده‌های نزدیک به رژیم صهیونیستی و باسابقه طولانی در پرونده‌سازی علیه برنامه هسته‌ای ایران، نوشت این حادثه با توجه به تعدادی از عوامل دخیل در آن به احتمال زیاد اقدام خرابکارانه بوده است.
در ادامه برای اثبات این فرضیه، آلبرایت مدعی شد که بعید است ایران موادی به شدت قابل اشتعال که بتوانند انفجار ایجاد کنند را در این بخش از مجتمع نطنز ذخیره کرده باشد. وی ادعا کرد: «این بخش، در برابر چنین حوادث تصادفی آسیب‌پذیر نیست. قطعات و اجزا مربوطه را به اینجا آورده و مونتاژ می‌کنند. مایعات قابل اشتعال چندانی به اینجا آورده نمی‌شود. فعالیت‌های مونتاژ به خودی خود خطرناک نیستند. به نظر می‌رسد که این اتفاق، خرابکاری باشد.» پایگاه اینترنتی نشریه آمریکایی «برکینگ دیفنس» هم در زمانی نزدیک به انتشار گزارش نیویورک‌تایمز اقدام خرابکارانه را علت وقوع این حادثه معرفی کرد. این نشریه به نقل از کارشناسان صهیونیست در تل‌آویو این طور به شرح ماوقع پرداخت: یک حمله اسرارآمیز به یکی از تاسیسات هسته‌ای مهم ایران خسارات گسترده‌ای وارد کرد.
در ادامه این گزارش به نقل از همان منابع تلاش شده این حادثه با حادثه اخیر در پارچین ربط داده شود. برکینگ دیفنس مدعی شد: در هفته‌های اخیر اسرائیل تلاش‌هایش را شدت بخشیده تا به جهان ثابت کند که ایران مسابقه تسلیحاتی خود برای دستیابی به بمب هسته‌ای را پایان نداده است. به گفته منابع، این تلاش شاید یک سری از "اتفاقات" را در تاسیسات ایران در هفته‌های اخیر توضیح دهد و تلاش کرده که حادثه در پارچین را هم با تلاش‌های رژیم صهیونیستی مرتبط کند. «بی‌بی‌سی فارسی» هم در این بین مدعی شد که ساعاتی پیش از انتشار نخستین خبر درباره این حادثه، بیانیه‌ای به دست بعضی از خبرنگاران این شبکه فارسی‌زبان رسیده که از این حادثه و انجام «عملیات» در ساعت دو بامداد پنجشنبه در تاسیسات هسته‌ای نطنز خبر می‌داده است. بی‌بی‌سی افزود فرستندگان این بیانیه خود را منتسب به یک «گروه زیرزمینی» ناشناخته با نام «یوزپلنگان وطن» می‌دانند و مدعی شده‌اند که از مخالفانی هستند که در دستگاه‌های امنیتی ایران حضور و فعالیت دارند.
این شبکه معاند اما مدعی شد که قادر نیست هویت این گروه ناشناخته و صحت گفته‌های آن درباره حادثه نطنز را بررسی و تایید کند. سخنگوی دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی ایران اعلام کرده که علت اصلی حادثه روشن شده است اما «به دلیل برخی ملاحظات امنیتی علت و چگونگی بروز این حادثه در زمان مناسب اعلام خواهد شد.» بنابراین هنوز به‌روشنی برای ما مشخص نیست که حادثه رخ‌داده در نطنز را می‌توان یک اقدام خرابکارانه توصیف کرد یا نه؟ اما سرعت رسانه‌های غربی در گمانه‌زنی درباره این رخداد ابهام‌برانگیز است. اولا تمام رسانه‌هایی که دست به گمانه‌زنی زده‌اند این اقدام را خرابکارانه توصیف کرده‌اند و در برخی موارد آن را به یک طرف خارجی یا به یک گروه معاند نسبت داده‌اند! ثانیا این سوال جدی است که رسانه‌های مزبور چگونه به این سرعت منابعی را آن سوی مرزهای ایران یافته‌اند که به آنها بگوید چه رخ داده است؟ در صورتی که روشن شود آنچه رخ داده واقعا اقدامی خرابکارانه بوده، این سوال مطرح می شود که آیا برخی رسانه‌های غربی از پیش از این اقدام خرابکارانه مطلع بوده‌اند و آیا از قبل گزارش‌هایی برای انتشار آماده شده بود؟